运输与物流工程系是在原汽车运用工程专业教研室的基础发展而来的，主要承担交通运输本科专业(2011年招生)的教学与实践工作，负责载运工具运用工程、交通运输管理与规划专业研究生培养工作。现有专业教师23人，其中正高级职称3人，副高级职称13人，中级职称7人。国家杰出青年科学基金获得者1人、国家优秀青年基金项目获得者1人、教育部“新世纪优秀人才”1人，霍英东教育基金会高等学校青年教师基金1人，具有博士学位23人，博士生导师2人，硕士生导师18人。教师知识背景涵盖车辆工程、交通运输规划与管理、载运工具运用工程、交通信息工程与控制、物流工程等专业，是一支能够胜任交通运输专业本科生教学与研究生培养的学术团队。
近三年来，运输与物流工程系承担各类科研项目40余项，其中国家杰出青年科学基金1项、国家重点研发计划子课题1项、国家自然科学基金面上项目5项，国家自然基金青年科学基金项目5项、教育部博士点基金4项、中国博士后科学基金1项、安徽省重大科技专项2项、安徽省自然科学基金项目1项、广东省重点研发项目子课题1项，以及其他各类科研项目40余项等。教学方面，获批安徽省省级质量工程项目1项、安徽省教学成果奖2项，并指导学生多次在“互联网+”大学生创新创业大赛、交通科技大赛、智能交通创新与创业大赛等比赛中取得佳绩。近三年在核心期刊发表学术论文80余篇，其中高水平一区论文（TransportationResearchPartB、OperationResearch、TransportationScience）若干篇，出版专著、教材2部。目前在读交通运输专业本科生近300名，硕士研究生50余名。
运输与物流工程系承担的主要课程有：交通运输学、运筹学、交通运输港站与枢纽、汽车运用工程、交通运输组织、物流工程、汽车构造、交通安全学、物流系统规划与设计、城市轨道交通运营与管理、管理学、汽车运用工程等。
